宇宙艦隊が軍事組織かどうかはいつも問題になるところである。単に設定だから軍隊ではない、というわけにはいかない。事実の観察をもとに考察を進めることにする。

○軍隊ではないと考えられる理由

• 船には民間人も乗せている。
• これまでに軍事演習を行った例がほとんどない。（Ultimate Computer(TOS)のときと、TNGで軍事顧問が乗船して演習を「初めて」行ったのを見たことがあるくらい。）

○一種の軍隊であると考えられる理由

• 惑星連邦には他に軍事組織が見あたらない。あれだけ周辺に緊張状態を抱え、いつ有事になってもおかしくない（あるいは、既に何回か交戦状態になっている）国家が、例えば自衛のためだけでも軍隊を有さないのはあまりにも不自然である。
• 実際の組織、運営方法は明らかに軍隊（海軍）を模している。階級が厳然と存在し、構成員は裁判ではなく軍法会議で裁かれる。
• 実際に軍事行動や示威行動を行っている。
• 船は非常に強力な火器を装備しており、実際にそれを使用している。これは沿岸警備隊や警察のレベルを遙かに超えている。

ＮＣＣ：Naval Constract Code-numberの略。艦隊建造番号。

ＮＣＣ：Navigational Contact Code-number の略。航行識別番号。