航行中の危険というのは当然いろいろ考慮されているはずで、よく戦闘状態への突入に際して非常態勢が宣言されることがある。では、船体の分離はどういう事態を想定して装備されているのだろうか。

ワープコアの爆発については、緊急排出装置があるためわざわざ機関部を分離する必要がない。円盤部にはメインブリッジ、居住区、フェイザー砲が配置されており、機関部には戦闘ブリッジ、ワープコアや反物質タンク、ワープナセル、光子魚雷が配置されている。（一応居住区もあるようだが、通常使われているかは不明。）
ということは、円盤部はワープスピードが出ない。また、ワープコアから切り離された状態ではフェイザーに回せるエネルギーも限られている。これに対し、移動や戦闘に必要な主要装備は全て機関部にあることになる。

これらから考えると、船体の分離は甚大な被害が予想される戦闘に突入する際に民間人や（科学士官のような）非戦闘員を円盤部に残し、戦場に赴くためにあるようである。

考えてみると、タイトルを「船体の分離」としたが、英語では"Saucer Separation"で、「円盤部を本体から分離して残していく」ということではないか。